Secara umum, minum air hujan tanpa diolah tidak disarankan, meskipun air hujan berasal dari penguapan air murni.

Saat jatuh dari atmosfer, air hujan dapat membawa partikel polusi, debu, logam berat, dan mikroorganisme dari udara maupun permukaan tempat penampungan. Di daerah dengan polusi udara tinggi, kandungan air hujan bisa mengandung zat berbahaya seperti sulfur atau nitrogen dioksida yang dapat menyebabkan gangguan kesehatan.

Jika ingin memanfaatkannya, air hujan sebaiknya disaring dan direbus terlebih dahulu untuk menghilangkan kotoran dan kuman. Dengan pengolahan yang tepat, air hujan bisa menjadi sumber air bersih alternatif.